Създаден е през месец февруари 1983 година от преподаватели във Висшия педагогически институт (сега Югозападен университет “Неофит Рилски”) и за кратко време обхваща 50 членове в две секции: философско-педагогическа и медицинска. В учредяването на организацията са участвали проф. д-р Трифон Тирфонов, проф. д-р Николина Огненска, проф. д.н. Васил Мадолев, доц. д-р Гергина Енева, проф. д-р Илия Гюдженов, проф. д.н. Кирил Костов, проф. д.н. Магдалена Глушкова, доц. д-р Мария Горанова, доц. д-р Михо Михов, доц. д-р Марек Тасев, доц. д-р Невена Филипова и др.
През различните периоди председатели на СУБ – клон Благоевград са били проф. д-р Трифон Трифонов, проф. д.н. Петър Николов, проф. д-р Васил Метев, доц. д-р Иван Амов, проф. д.н. Елка Янакиева, проф. д-р Николина Огненска, доц. д-р Красимира Марулевска (и в момента).
През годините дейността на организацията е имала и възходи и спадове. Особена активност се наблюдава по време на председателството на проф. д-р Васил Метев и проф. д.п.н. Петър Николов. През този период се учредява фондация, в която участват със средства фирми от града и чрез тях се прави опит за съединяване на науката с производството; организира се конкурс (1992) за научна разработка на проблем с практическа насоченост; организира се съвместно с читалището среща на родовете бежанци от Вардарска и Егейска Македония. Установени са контакти с македонския научен институт в града; чества се Деня на будителите с различни инициативи (четения на реферати по важни проблеми на българската история от студенти, конкурс за най-активна дейност в областта на публикацията на научни трудове, честване на преподавателите, които са се хабилитирали през годината и др.), участие като съорганизатори на конференции с различни катедри от университета (Дискретна математика и приложения-Катедра Математика; Българо-френски правни дни -Юридически факултет, Туризмът приоритетен отрасъл в региона и др.).
В края на ХХ век СУБ-клон Благоевград постепенно преустановява своята дейност. През 2005 година със съдействието на проф. д-р Илия Гюдженов (тогава Ректор на ЮЗУ „Н. Рилски”) и проф. д.мед.н. Дамян Дамянов (председател на СУБ), СУБ-клон Благоевград се възстановява отново с 14 членове. За председател е избрана проф. д-р Николина Огненска. През 2013 година числения състав на СУБ-клон Благоевград е над 180.
През последните години се утвърдиха някои традиционни дейности на организацията като:
- Издаване на Годишник с публикации на членове на организацията;
- Седмица Неофитови дни посветена на 1 Ноември – ден на народните будители и на науката в България;
- Честване юбилей на членове на СУБ-Благоевград;
- Организиране на лекции на преподавателите, които са се хабилитирали през годината;
- Експозиция на учебна и научна литература на членове на СУБ- Благоевград;
- Национални студентски четения по различни проблеми;
- Балканска конференция;
- Конкурс за най-добра научна разработка на млади научни работници (асистенти и докторанти;
- Конкурс за студентско научно творчество и др.